...
 
Commits (2)
......@@ -12,7 +12,7 @@ import matplotlib.animation as animation
FFMpegWriter = animation.writers['ffmpeg']
import scipy.ndimage as sn
from convbox.plot.color.rainbow_desaturated import mymap2
chezmoi='/Xnfs/convection/Stage_LG_2020/Documents/Celsius_Temporaire'
chezLouis='/Xnfs/convection/Stage_LG_2020/Documents/Celsius_Temporaire'
class TLCExperiment:
"""
......@@ -109,7 +109,6 @@ def computeMean(manip):
"""
Compute mean picture for experiment manip.
"""
print('oui')
count=0
for image in manip.pictures():
if count==0:
......@@ -117,16 +116,11 @@ def computeMean(manip):
else:
Image+=image
count+=1
print(count)
Image = np.array(Image/count,dtype=np.uint8) # pas d'erreur sur la moyenne. Bien réfléchir
print('a')
cv2.imwrite("{}{}{}{}".format(chezmoi,'/Moyenne',manip.Temperature,'.tif'), Image)
print('b')
cv2.imwrite("{}{}{}{}".format(chezLouis,'/Moyenne',manip.Temperature,'.tif'), Image)
ImageHSV = cv2.cvtColor(Image,cv2.COLOR_BGR2HSV)
print('c')
cv2.imwrite("{}{}{}{}".format(chezmoi,'/MoyenneHSV',manip.Temperature,'.tif'), ImageHSV)
print('d')
cv2.imwrite("{}{}{}{}".format(chezLouis,'/MoyenneHSV',manip.Temperature,'.tif'), ImageHSV)
# Enregistrement de la moyenne
#with h5py.File("{}{}{}MeanData.nc".format(manip.DataFolder/..,'/',manip.Temperature),'a') as f:
......@@ -202,8 +196,8 @@ def OpenHvalue(manip,iframe):
return f['H'][()]
def QuadrillageBrouillon(manip,grain):
# print('debut')
#un computeMean interne pour la moyenne temporelle
count=0
for image in manip.pictures():
......@@ -212,14 +206,9 @@ def QuadrillageBrouillon(manip,grain):
else:
Moyenne+=image
count+=1
MoyenneT = np.array(Moyenne/count,dtype=np.uint8) # pas d'erreur sur la moyenne. Bien réfléchir
MoyenneT = cv2.rotate(cv2.cvtColor(MoyenneT,cv2.COLOR_BGR2RGB),cv2.ROTATE_90_CLOCKWISE)
# Enregistrement de la moyenne
#with h5py.File("{}{}{}MeanData.nc".format(manip.DataFolder/..,'/',manip.Temperature),'a') as f:
# f.create_dataset('imageMean',data=Image)
# f.create_dataset('imageMeanHSV',data=ImageHSV)
chezmoi='/Xnfs/convection/Stage_LG_2020/Documents/Celsius_Temporaire'
# print('temporel')
MoyenneT = np.array(Moyenne/count, dtype=np.float) # pas d'erreur sur la moyenne. Bien réfléchir
chezLouis='/Xnfs/convection/Stage_LG_2020/Documents/Celsius_Temporaire'
#moyennespatiale
TailleCote=MoyenneT.shape[0]
NombreDeCellules=TailleCote//grain
......@@ -227,14 +216,28 @@ def QuadrillageBrouillon(manip,grain):
for i in range(NombreDeCellules):
for j in range(NombreDeCellules):
moyennepluspetite=MoyenneT[grain*i:grain*(i+1),grain*j:grain*(j+1),:]
temp=moyennepluspetite.mean()
temp=moyennepluspetite.mean((0,1))
MoyenneTXY[i][j]=np.floor(temp)
# print('spatial')
MoyenneTXY=np.array(MoyenneTXY,dtype=np.uint8)
MoyenneTXY=cv2.rotate(cv2.cvtColor(MoyenneTXY,cv2.COLOR_BGR2RGB),cv2.ROTATE_90_CLOCKWISE)
MoyenneTXYHSV=cv2.cvtColor(MoyenneTXY,cv2.COLOR_RGB2HSV)
plt.figure(figsize=(10,10))
plt.imshow(MoyenneTXY)
# cv2.imwrite("{}{}{}{}".format(manip.DataFolder,'/../MoyenneTXY',manip.Temperature,'.tif'), MoyenneTXY)
cv2.imwrite("{}{}{}{}".format(chezmoi,'/MoyenneTXY',manip.Temperature,'.tif'), MoyenneTXY)
# cv2.imwrite("{}{}{}{}".format(chezLouis,'/MoyenneTXY',manip.Temperature,'.tif'), cv2.cvtColor(MoyenneTXY,cv2.COLOR_RGB2BGR))
if not os.path.isdir("{}{}".format(chezLouis,'/../Processed_DATA/CalibrationTemperature')):
os.mkdir("{}{}".format(chezLouis,'/../Processed_DATA/CalibrationTemperature'))
# Enregistrement de la moyenne
with h5py.File("{}{}MeanTemp.h5".format(chezLouis,'/../Processed_DATA/CalibrationTemperature/'),'a') as f:
if 'ImHSV_{}_degre'.format(manip.Temperature) in f:
f['ImHSV_{}_degre'.format(manip.Temperature)][:] = MoyenneTXYHSV
# f.create_dataset("ImH",data=MoyenneTXY)
else:
f.create_dataset('ImHSV_{}_degre'.format(manip.Temperature),data=MoyenneTXYHSV)
#Il faudra rajouter pour la classe TLCExperiment un attribut de style OutputFolder pour qu on puisse y deposer nos fichiers d analyse des donnees brutes, et on pourra remplacer l'usine a gaz de chezLouis/../etc par manip.Outfolder/etc
######################################################################################################
......